Sáng ngày 19 tháng 9 năm 2025, tại phường Long Biên, thành phố Hà Nội, Viện Khảo cổ học phối hợp với Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội, UBND phường Long Biên công bố kết quả khai quật khảo cổ học khu vực nhà Mẫu chùa Cự Linh thuộc di tích kiến trúc nghệ thuật đền Trấn Vũ. Dự Hội nghị, Viện Khảo cổ có Viện trưởng Hà Văn Cẩn cùng cán bộ của Viện, đại diện Sở Văn hóa Thể thao, Bảo tàng Hà Nội; Cục di sản (Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch), Ban Quản lý Dự án Đầu tư – Hạ tầng phường Long Biên.

Thực hiện Quyết định số 2333/QĐ-BVHTTDL ngày 03/7/2025 của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch về việc thăm dò, khai quật khảo cổ. Từ tháng 8 đến nay, Viện Khảo cổ học đã phối hợp với Bảo tàng Hà Nội và các cơ quan liên quan tiến hành thăm dò, khai quật khảo cổ tại khu vực Nhà Mẫu chùa Cự Linh thuộc di tích kiến trúc - nghệ thuật đền Trấn Vũ, phường Long Biên, thành phố Hà Nội.

Qua hơn 1 tháng thăm dò, khai quật trên diện tích 200m², các nhà khảo cổ đã phát hiện nhiều lớp kiến trúc, di vật có giá trị, phản ánh lịch sử lâu dài và liên tục của di tích. Đó là lớp kiến trúc thời Trần với lớp đất phù sa xen dày ngói vỡ, phản ánh nền đất đắp thời Trần (thế kỷ XIII – XIV), chứng tỏ ở đây tồn tại công trình lợp ngói thời Trần. Khu vực khai quật đã phát hiện đơn nguyên kiến trúc được xếp bằng gạch vồ màu đỏ. Nhận diện sơ bộ có thể nhận định là phần bó nền hậu cung đền Trấn Vũ thời Lê sơ. Lớp kiến trúc thời Lê Trung hưng là đoạn móng tường được xây dựng bằng gạch vồ màu xám nằm ở chân móng tường hậu cung đền Trấn Vũ (hiện đại). Móng gạch này nằm trên bó nền kiến trúc thời Lê sơ. Đồng thời mặt trên của móng thời Lê Trung hưng được thời Nguyễn sử dụng làm móng của công trình đền Trấn Vũ sau này. Cuộc khai quật đã tìm thấy nhiều di vật gồm các loại hình như bao nung, đồ sành, gốm men có niên đại từ thế kỷ XIII đến thế kỷ XX.
Kết quả khai quật làm xuất lộ nhiều di tích kiến trúc quý báu chứng minh đền Trấn Vũ – chùa Cự Linh được xây dựng từ sớm, trải qua một quá trình hình thành và phát triển từ thời Trần, Lê Sơ, Lê Trung hưng, thời Nguyễn, đồng thời làm sáng tỏ thêm nhiều giá trị lịch sử, văn hóa của quần thể di tích  tôn giáo – tín ngưỡng này gắn bó chặt chẽ với không gian văn hóa ở bờ bắc Sông Hồng, đồng thời cung cấp những tư liệu vật chất phục vụ công tác trùng tu, tôn tạo và phát huy giá trị di sản văn hóa của địa phương.